胡惟庸之案：
建明之初明太祖设置拱卫司，统领校尉，隶属都督府，为皇帝侍从军事机构，后改拱卫司为拱卫拱卫指挥使司。洪武二年（1369年），拱卫指挥使司又重新更名为亲军都尉府，另设仪鸾司归其统领。后又将仪鸾司改为锦衣卫，下设指挥使、指挥同知、指挥佥事、南北镇抚司镇抚、千户五职，皇帝任命自己心腹出任指挥使。锦衣卫建立前的仪鸾司只是替皇帝管理仪仗的普通侍卫机构，改为锦衣卫后，权利增添了很多。除拥有侍卫职权外，还有权巡察缉捕和审理诏狱。
胡惟庸是凤阳定远人，1373年由右丞相升任左丞相。胡门生故吏遍于朝野，形成一个势力集团，威胁皇权。1378年，明太祖对中书省采取行动。一天，胡惟庸的儿子骑马在大街上横冲直撞，结果跌落马下，被一辆过路的马车轧了，胡惟庸将马夫抓住，随即杀死。明太祖十分生气。十一月又发生了占城贡使事件。占城贡使到南京进贡，把象、马赶到皇城门口，被守门的太监发现，报与明太祖。明太祖大怒，命令将左丞相胡惟庸和右丞相汪广洋抓进监狱。但是，两丞相不愿承担罪责，便推说接待贡使的礼部的职责。于是，明太祖便把礼部官员也全部关了起来。
两相入狱，御史们理解了皇上的意图，便群起攻击胡惟庸专权结党。于是，1380年，明太祖以擅权枉的罪名处死了胡惟庸和有关的官员，同时宣布废除中书省，以后不再设丞相。
明太祖以专权枉法之罪杀了胡惟庸后，胡案就成为他打击异己的武器，以致受牵连而被杀者达3万多人。
学士宋濂，在明朝开国初期受过明太祖重用，后来又当过太子的老师。宋濂为人谨慎小心，但是明太祖对他也不放心。有一次，宋濂在家里请了几个朋友喝酒，第二天上朝，明太祖问他昨天喝酒的事，宋濂一一照实回答。明太祖笑着说：“你没欺骗我。”原来，宋濂家那天请客的时候，明太祖早已偷偷派人去监视了。后来明太祖称赞宋濂说：“宋濂跟随我19年，从没说过一句谎言，也没说过别人一句坏话，真是个贤人啊！”宋濂68岁时告老还乡，明太祖还送他一块锦缎，说：“留着它，32年后，做件百岁衣吧！”
胡惟庸案件发生后，宋濂的孙子宋慎被揭发是胡党，于是宋濂也受到诛连。明太祖派锦衣卫把宋濂从金华老家抓到京城，要处死他。
马皇后知道这件事后，劝明太祖说：“老百姓家为孩子请个老师，尚且恭恭敬敬，何况是皇帝家的老师呢。再说，宋先生在乡下居住，他怎么会知道孙子的事呢？”
明太祖正在气头上，不肯饶恕宋濂。当天，马皇后陪明太祖吃饭，她呆呆地坐在桌边，不喝酒，也不吃肉。明太祖感到奇怪，问她是不是身体不舒服。马皇后难过地说：“宋先生就要死了，我心里难受，在为宋先生祈福呢。”
马皇后和太祖是患难夫妻，明太祖平时对她也较尊重，听她这一说，也有点感动，才下令赦免宋濂死罪，改成充军茂州（今四川茂县）。70多岁的宋濂禁不起这场折腾，没到茂州就死去了。
过了10年，又有人告发李善长明知胡惟庸谋反不检举揭发，犯了大逆不道的罪。李善长是第一号开国功臣，又是明太祖的亲家，明太祖大封功臣的时候，曾经赐给李善长两道免死铁券。可是明太祖一翻脸，把已经77岁的李善长和他的全家70几口全部处死。接着，再一次追查胡党，又处死了1.5万余人。
事情并没到此结束。过了3年，锦衣卫又告发大将蓝玉谋反。蓝玉是明朝开国大将，被明太祖封为凉国公。1391年，四川建昌发生叛乱，明太祖命蓝玉讨伐。临行前，明太祖面授机宜，命蓝玉手下将领退下，连说3次，竟无一人动身；然而蓝玉一挥手，他们却立刻没了身影。这使明太祖下决心要除掉蓝玉。1392年的一天，早朝快结束了，锦衣卫指挥使参奏蓝玉谋反，明太祖随即令人将其拿下，并由吏部审讯。当吏部尚书詹徽令蓝玉招出同党时，蓝玉大呼：“詹徽就是我的同党！”话音未落，武士们便把詹徽拿下，审判官们目瞪口呆，不再审了。3天后，明太祖将蓝玉杀死，尔后，就是大规模的清洗和株连。胡、蓝两案，前后共杀4万人。
对于明太祖的滥杀，皇太子朱标深表反对，曾进谏说：“陛下诛戮过滥，恐伤和气。”当时明太祖没有说话。第二天，他故意把长满刺的荆棘放在地上，命太子拣起。太子怕刺手，就没有立刻去拣，于是明太祖说：“你怕刺不敢拣，我把这些刺去掉再交给你，难道不好吗？现在我杀的都是对国家有危险的人，除去他们，你才能坐稳江山。”然而太子却说：“有什么样的皇帝，就会有什么样的臣民。”明太祖大怒，拿起椅子就扔向太子，太子只好赶紧逃走。
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燕王进南京：
明太祖杀了一些权位很高的大臣，把他的24个儿子分封到各地为王。明太祖认为这样做，可以巩固他建立的明王朝的统治，却不料后来引起一场大乱。
明太祖60多岁的时候，太子朱标死了，朱标的儿子朱允炆被立为皇太孙。各地的藩王大都是朱允炆的叔父，眼看皇位的继承权落到侄儿的手里，心里不服气。特别是明太祖的第4个儿子——燕王朱棣，他多次立过战功，对朱允炆更瞧不起了。
朱允炆的东宫里，有个官员叫黄子澄，是朱允炆的伴读老师。有一次，黄子澄见朱允炆一个人坐在东角门口，心事重重，便问他为什么发愁。朱允炆说：“现在几个叔父手里都有兵权，将来如何管得了他们。”黄子澄跟朱允炆讲了西汉平定七国之乱的故事来安慰他。朱允炆听后，心总算放宽了一点。
1398年，明太祖死了，皇太孙朱允炆继承皇位，这就是明惠帝，历史上又叫建文帝（建文是年号）。当时京城里就听到谣传，说几位藩王正在互相串通，准备谋反。建文帝听了这个消息害怕起来，忙让黄子澄想办法。
黄子澄找建文帝另一个亲信大臣齐泰一起商量。齐泰认为诸王之中，燕王兵力最强，野心最大，应该首先把燕王的权力消除掉。黄子澄不赞成这个做法，他认为燕王已有准备，先从他下手，容易引发突变。于是，两人商量好先向燕王周围的藩王下手。建文帝便依计而行。
燕王早就暗中练兵，准备谋反。为了麻痹建文帝，他假装得了精神病，成天胡言乱语。齐泰、黄子澄不相信燕王有病，他们一面派人到北平把燕王的家属抓起来，一面又秘密命令北平都使张信去捕燕王，还约定燕王府的一些官员做内应。不料张信是站在燕王一边的，反而向燕王告了密。
燕王是个精明人，知道建文帝是法定的皇帝，公开反叛，对自己不利，就说要帮助建文帝除掉奸臣黄子澄、齐泰，起兵反叛。历史上把这场内战叫作：“靖难之变”（靖难是指平定内乱的意思）。
这场战乱差不多打了3年。到了1402年，燕军在淮北遇到朝廷派出的南军的抵抗，战斗进行得十分激烈。有些燕军将领主张暂时撤兵，燕王却坚持打到底。不久，燕军截断南军运粮的通道，发起突然袭击，南军一下子跨了。燕军势如破竹，进兵到应天城下。
过了几天，守卫京城的大将李景隆打开城门投降。燕王带兵进城，只见皇宫火光冲天。燕王派兵把大火扑灭时，已经烧死了不少人。他查问建文帝的下落，有人报告说，燕兵进城之前建文帝下令放火烧宫，建文帝和皇后都跳到大火里自焚了。
随后，燕王朱棣即了位，这就是明成祖。七月一日，朱棣于南郊大祀天地后，回到奉天殿，诏令当年六月以后，仍以洪武三十五年为纪，第二年（1403年）为永乐元年。建文帝所改易的祖宗成法，一律恢复旧制。七月初三，又诏令把建文时更定的管制改回洪武旧制。九月初四及次年五月，朱棣先后两赐封靖难功臣。十一月十三日，朱棣册立妃徐氏为皇后。
朱棣即位后，为了巩固自己的皇位，又进行了大量的充满血腥的屠杀活动。他将建文帝亲信大臣50余人列为奸臣，悬赏捉拿。捉住后，不仅将其本人杀害，而且还株连九族。