北京自辽、金建都于此，牡丹栽培日渐兴盛。明代的《北京考》上记载辽圣宗（公元982～1031）在统和12年（995年）三月去长春宫观赏牡丹。在明代，牡丹栽培极盛，“金殿内外尽植牡丹”。城外还有三大名园梁家园、清华园和惠安园。
在江南，明代以江阴牡丹为盛。此外杭州、苏州、上海也有不少种植。广西灌阳也产牡丹，据明代《广西通志》记载，在广西“牡丹出灵川、灌阳，灌阳牡丹有高一丈者，其地名小洛阳。”
清代（公元1644～1911年），曹州牡丹的栽培就更盛了，取亳州而代之。《曹县志》云：“牡丹非土产也，初盛于雒下（今陕西省雒南县），再盛于亳州，彼时已六、七百种，分五色排列，叙至于今，亳州寂寥，而盛事悉归曹州。”“曹州园户种花如种黍粟，动以顷计，盖连畦接畛也。”（《曹州牡丹谱》）。蒲松龄在他写的《聊斋志异》一书中，也曾有“曹州牡丹甲齐鲁”的记述。这时，曹州城东北各村栽培牡丹已很普遍。有以养花为业者，成园成圃者很多，其中尤以王李庄、洪庙、毛庄、赵楼各村为冠。道光年间赵玉田在村北建花园，专养牡丹、芍药，集本村之大成，园之周围树之以桑为篱，名曰“桑篱园”。著有《桑篱园牡丹谱》，其中记述了151种，内称：“山左十郡二州，语牡丹则曹州独也。曹州十邑一州，语牡丹则菏泽独也。”“菏泽为郡为里者，不知其几，语牡丹之出，惟有城北之一隅，鲁山之阳，范堤之外，连延褒不能十里。”其后，有《绮园牡丹谱》，核其名者百四十有奇。并云：“谷雨后往观，见姹紫嫣红，含蕊皆放，交错如锦，夺目如霞，灼灼似群玉之竞集，煌煌若五色之相宣。”当时栽培面积已达500多亩，每年输出十余万株，运往广州|、天津、北京、汉口、西安、济南等地出售。其中运往广州者为最多，收益亦大。当地农民流传着这样一句民谚：“种果树莫若木瓜、柿子，养花木还是牡丹、芍药。”再加上社会上的爱好，菏泽人善于种花，以及牡丹根皮可供药用，所以菏泽牡丹，常期发展，历久不衰。
在清代，甘肃大部分地区也有牡丹栽培。而以兰州、临夏、临洮一带为栽培中心地。清末编纂的《甘肃新通志》曾有牡丹在甘肃“各州府都有，惟兰州较盛，五色具备”的记载。延安万花山，位于杜甫川内花源头村对面，这里盛产牡丹。清嘉靖修《延安府志》中记有“花源头产牡丹极多，樵者以之为薪。”附近群众有在农历四月初八到此赏花的习俗，已有一千多年的历史。
江南牡丹中有宁国牡丹和铜陵牡丹。据1936年编《宁国县志》载，“宁国、蟠龙素产牡丹，以白、黄为贵，……。”关于铜陵牡丹，据《铜陵县志》载：“仙牡丹长山石窦中，有白牡丹一株，……素艳绝丽。相传为葛洪所种。”葛洪为晋代人，按此传说，以有1600年的历史。
新中国成立后，中国牡丹得到恢复和发展。目前，菏泽牡丹栽培面积已达5万余亩，600多个品种，已成为世界上面积最大、品种最多的中国牡丹栽培、观赏、科研中心，堪称世界之最。
中国牡丹栽培的历史，形成以黄河中、下游为主要栽培中心，其他地区为次栽培中心或重要栽培地的格局。随着朝代的更迭，牡丹栽培中心随之变换，但主要栽培中心始终位于黄河中、下游地区。其转移过程为：洛阳（隋）—长安（唐）—洛阳（五代、宋）—亳州、曹州（明）—曹州（清）。这是中国牡丹品种群形成和发展的主线。除此之外，还有几个发展中心：一是长江三角洲、太湖周围及皖东南；二是四川盆地西北隅的成都、彭州；三是甘肃的兰州、临夏；四是广西的灌阳。
牡丹品种的识别
春日牡丹竞芳菲。倘若你徜徉于花海之中。恐怕你除了惊叹花的娇艳，还欲知道她的芳名。如果携友赏花，你能说出花名一二，更能平添几多风雅和无限乐趣。其实，多数牡丹花是不难鉴别，只要有心，便能结识她。
从花上鉴别
花是鉴定品种的重要依据之一。牡丹与其他花卉一样，其主要特征集中于花冠上，欲分辩品种先要看花冠。
从花型上分
牡丹分类三类十二型。即单瓣类、重瓣类、重台类。单瓣型、荷花型、菊花型、蔷薇型、托桂型、金环型、皇冠型、绣球型、菊花台阁型、蔷薇台阁型、皇冠台阁型、绣球台阁型。以下举例说明。
单瓣型：花瓣1～3轮，宽大，雄雌蕊正常。如“黄花魁”、“泼墨紫”、“凤丹”、“盘中取果”以及所有的野生牡丹种。
荷花型：花瓣4～5轮，宽大一致，开放时，形似荷花。如“红云飞片”、“似何莲”、“朱砂垒”。
菊花型：花瓣多轮，自外向内层层排列逐渐变小，如“彩云”，“洛阳红”、“菱花晓翠”。
蔷薇型：花瓣自然增多，自外向显著逐渐变小，少部分雄蕊瓣化呈细碎花瓣；雌蕊稍瓣化或正常。如“紫金盘”、“露珠粉”、“大棕紫”。
托桂型：外瓣明显，宽大且平展；雄蕊瓣化，自外向内变细而稍隆起，呈半球型。如“大胡红”、“鲁粉”、“蓝田玉”。
金环型：外瓣突出且宽大，中瓣狭长竖直，呈金环型。如“朱砂红”、“姚黄”、“首案红”。
皇冠型：外瓣突出，中瓣越离花心越宽大，形如皇冠。如“大胡红”、“烟绒紫”、“赵粉”。
绣球型：雄蕊完全瓣化，排列紧凑，呈球型。如“赤龙换彩”、“银粉金鳞”、“胜丹炉”。
最后四型可以概括为台阁型：由两朵重瓣单花重叠而成。分为“菊花叠”、“蔷薇叠”、“皇冠叠”、“绣球叠”。如“火炼金丹”、“昆山夜光”、“大魏紫”、“紫重楼”等。
从花色上分
牡丹系以八大色著称，如白色的“夜光白”、蓝色的“蓝田玉”、红色的“火炼金丹”、墨紫色的“种生黑”、紫色的“首案红”、绿色的“豆绿”、粉色的“赵粉”、黄色的“姚黄”。还有花色奇特的“二乔”、“娇容三变”等等，另外在同一色中，深浅浓淡也各不相同。
从香型上分
一般白色牡丹多香，紫色具烈香，黄粉具清香，只要“嗅其香便知其花”了。
从叶上鉴别
牡丹叶为3出2回复叶。因品种的不同，叶子所呈出现来的形状、宽窄、厚薄、颜色等方面各不相同。如“大胡红”叶大、圆而肥厚，叶面多平展。如“墨洒金”叶形大而长，但小叶较狭长，质地薄，较稀疏开展或下垂。如“状元红”全叶中等大小，小叶长椭圆型，边缘缺多且较尖、上卷，叶多斜伸。如“豆绿”叶背有一层白绒毛。如“大棕紫”叶色发紫红等。
从枝干上辨别
这一方法是通过株形和分枝方式来区别品种。牡丹为丛生灌木，因不同的品种，其株形和分枝方式也不相同。
直立型：枝条开张角度小，直立向上，节间长，长势强，株丛高大，如“洛阳红”、““桃李增艳”等。
开展型：枝条开张角度大，向四周延伸，株形低矮。如“一品朱衣”、“赵粉”等。
半开展型：介于上述两型之间，如“脂红”、“蓝田玉”等。
分枝方式又分单枝型和丛枝型。
单枝型：当年生枝间较长，着新生芽少，此芽翌年早春抽发成枝，株高，枝稀疏，如“姚黄”、“粉二乔”等。
丛枝型：当年生枝间较短，新生芽多且发枝力强。当年即可形成丛生状短枝，株矮枝密。如“葛巾紫”、“瑛王名宝珠”等。
从芽上识别
牡丹不同的品种，其芽形与芽色也不尽相同。“洛阳春”的芽尖而圆；“朱砂垒”的芽呈狭尖型；“青龙卧墨池”的芽尖而带钩，好似鹰嘴。至于芽色就更为丰富：“百花妒”的芽为黄绿色；“脂红”的芽为绿色；“墨魁”的芽为暗紫色等。芽色与花色有一定的相关性，芽色深者，花色也深；芽色浅者，花色也浅。
从果实上识别
一般结实力强，心皮呈开张轮状辐射排列的品种，多为单瓣和半重瓣品种，如“似金莲”、“凤丹”等。结实率低，果实成簇生状，多为重瓣起楼品种，如“二乔”、“朱砂垒”等。
从根上分辩牡丹的根部也作为区别其品种的辅助手段。一些品种根系中毛细根少，根的粗细较均匀，如“葛巾紫”。另一些品种有较多毛细根，呈蓬状，如“瑛王名宝珠”大多数品种根为白、黄白、红白色等，而“首案红”根呈紫红色，为识别此品种的重要依据之一。
牡丹的栽植
栽植牡丹要选择地势高燥、排水良好的地方。土壤性质以中性最好，微咸微酸性封亦可。栽前要剪去病根和折断的根，用0.1%的硫酸铜溶液或5%的石灰水浸泡半小时进行消毒。然后用浅水洗冲干净，栽植深度以根茎处与土面齐于为好。在黄河流域以9月下旬至10月上、中旬为宜。
黄河以北地区可适当早栽，长江以南地区可适当晚栽。若栽植过早容易引起“秋发”，次年无花。栽植过迟，伤口愈合慢，影响成活或成活后生长缓慢瘦弱。牡丹虽然比较耐旱，但在春、秋干旱季节也要进行浇水，夏季雨水多时还应注意排水防涝。牡丹喜肥，每年至少需施3次肥。第二次在5月上旬施“花后肥”，可用饼肥或复合肥，也可用0.2%～0.5%的磷酸二氢钾作根外追肥。第三次在入冬前后施用。牡丹的整形修剪主要包括定干、修枝、除芽、疏蕾等。牡丹移植2～3年后，即可进行定干，决定植株留枝干多少。对长势弱、发枝数量少的品种，一般剪除细弱枝，保留强枝长势强健、枝干较多的品种，以留3～5干为宜长势特强、生长旺盛的品种，可以修剪成为独干式的“牡丹树”。牡丹定干工作宜在秋、冬季进行，定干要视植株生长情况分数年完成。牡丹根际有许多不定芽，每年春季大量萌发，与枝干争夺养分，应及时除去。该项工作分春、秋季两次进行。一般经过定干，除芽和修剪即可使植株生长均衡，开花繁茂。
牡丹除露地栽培外，也可盆栽。盆栽牡丹，要选择适应性强、花型较好的早、中花品种，如洛阳红、二乔、胡红、赵粉、似荷莲、一品朱衣、青龙臣墨池等。盆土可用疏松、肥活、排水良好、呈微咸或微酸性的培养土。9月中、下旬上盆，为避免“秋发”，可适当带叶栽植。修剪整形，与地栽牡丹相似，日常管理与一般盆花类同。唯冬季要注意将盆栽牡丹放入“花池”，池内填充锯末，防寒越冬。在严寒地区，可将牡丹带盆埋入土中，或将植株地上部分用稻草包扎或用多层牛皮纸袋套上，再培土过冬。
牡丹常见的病害有叶斑病、炭疽病、紫纹羽病、根瘤线虫病。害虫有天牛、介壳虫等。防治牡丹叶部的病害，可在当年开花后每半月在叶部喷洒等量式波尔多液，连续喷3～4次。每年入冬时剪除牡丹枯叶，集中烧掉。紫纹羽病的发病部位在根茎处或根部，防治方法主要是栽植时进行根部消毒；不施用未经充分腐熟的肥料。牡丹根线虫病发生在根部，防治方法主要是栽前用氯化苦进行土壤消毒，或将“灭虫威”埋在牡丹根部周围5～20厘米的土壤里，每株用药7～10克。防治天牛，可用硫化锌。防治蚜虫、红蜘蛛，可用40%乐果、氧化乐果用50%的马拉硫磷100～1500倍液喷杀。
牡丹花色丰富多彩，叶色深紫嫩绿，荒废姿超逸万卉，故名花王。因牡丹不耐水湿，故自古以来，不论园林及庭院内栽培牡丹多将其植天高燥处，通常用砖、砌成貌似大型盆景，甚为雅致，狭小庭院如土湿光弱则不宜栽植。成片栽植，构成牡丹园、牡丹圃，配以其他花木围以矮栏，颇为优美。或在院墙前，庭院一角，散植几株，配以湖石与芳草，亦富诗情画意。