摩云书院是大唐第一书院，因此，有为其他书院做表率的作用。因此，摩云书院的院规代表了大唐的文化、素养，凡书院中人无不必须凛遵，不得有违。
一、书院编制
书院设祭酒（校长）一名：紫极老人
司业（副校长）一名，总理书院中大小事务：谢云石
常傅（教授）六名，负责教授不同课程：丹元、皓华、龙烟、常在、威明、玄冥
督学（教导主任）一名，负责惩罚犯规弟子：玄冥（兼任）
设立常傅会（校务委员会）来处理书院中的日常事务，常傅会由六位常傅组成，按照多数通过的原则，只要四位常傅同意，便是最终判决。常傅不能决断的，上报司业，司业无法裁决的，再上报祭酒。
二、招生办法
书院每十年招生一次。
如无特殊情况，每次最多招收18名生徒（学生）。
一般由司业谢云石做主考官，负责遴选生徒。六大常傅也会参加招生。只有在特殊情况下，紫极老人才会参与招生。
招生生源并没有限制，不论国籍，不论种族，甚至不论善恶。
招生规则：主考官会针对每个考生出一道题目，只要考生达到这个题目的要求，便可以通过招生考试。这个题目可以是打败某个人，寻找到某件东西，或者是达到某一目标。虽然看起来简单，但通过者极少极少。摩云书院每次招生都有千余人报名，却往往收不够18人。
三、学制
书院为全日制六年制学习，划分为三个阶段。
1、学习阶段。学制2年，又分为基础课学习阶段跟专业课学习阶段。其中基础课学习为1年，专业课学习为1年。
基础课学习的前三个月为统一授课时间，过了三个月之后，进入基础课自学阶段。
一旦生徒的合力能通过九仙瑶星的考核，则可开始专业课自学阶段。
一年之后，若通过结业考试，则开始专业课统一授课阶段。
学习阶段都是在书院中完成的。学习阶段结束后，会进行考试。考试方式由祭酒及常傅会决定，每年不同，因材而试。未通过者颁发肄业证劝退，通过者则进一步深造。
2、实习阶段。学制2年。生徒通过学习阶段之后，经过考试后，进入实习阶段。实习阶段则会进入唐朝的都城长安，并根据各人的特长才能，担任唐朝的官职，参与到一定的政务中去。2年之后，根据各人政绩大小，进行考评。未通过者可继续留任官职，通过者进一步深造。
3、留学阶段。学制2年。生徒通过前两个阶段的学习实习后，考试考评通过者，则被派遣到外国，或者师从国外大哲讲学，或者向蛮荒之地传道，或者平定国外战乱，或者救助别国灾难。此阶段的生徒都能够独当一面，出使外国，奉的任务也都艰难无比。
通过此阶段考核的，则无一不是当世人杰，功成名就。
四、课程设置
课程分为四门基础课与三门专业课。
1、基础课：四门学、律学、算学、书学。
四门学：学习修身之道。
律学：习音律。
书学：研经史子集。
算学：究天文地理术算。
算学之下开设了七门分科：天文、地理、术算、格物、禽兽、草木、金石。与之后开设的专业课关系紧密。
天文学测星绘辰，依照天上星斗的运行推演天下大事。地理学分井定脉，举凡山川海岳，都包括其中。
术算学讲的是加减乘除，奇门遁甲。
格物（也就是物理）格物致知，推究万物之理而为我所用。