，宣布批准由司法部任命一名独立检察官负责调查“白水事件”。1月20日，前纽约州的联邦法官菲斯克被司法部任命为独立检察官，专门负责“白水事件”的调查工作。
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白水门：最昂贵的无罪报告（2）
由于各种关于总统家庭与白水公司的猜测使美国道琼斯工业平均指数下降，令股市恐慌，而此时的克林顿夫妇也疲于应付各方的指责。为了应对危机，希拉里成立了自己的“白水应对小组”，成员包括白宫办公室、第一夫人办公室主任在内的其他高级幕僚，以便集中讨论有关问题。
1994年3月24日的《新闻周刊》的封面上刊登了一大幅克林顿夫妇的漫画：在一条波涛汹涌的河面上，希拉里与她的丈夫驾着一叶小舟，一人操只桨在拼命地划，但船却似乎正朝着前面的礁石撞去。漫画的题目是：白水围绕——掩盖行为或只是表现笨拙？希拉里的作用。
尽管克林顿进行了种种解释与说明，并同意任命独立检察官对白水案进行调查，但这一事件已严重损坏了他们夫妇的政治形象。已有不少舆论与民众认为希拉里并不是一个无私的为公众服务的第一夫人，而是喜欢追逐金钱与权力的女人。
（bsp;4月22日，为了回答外界种种猜疑，希拉里终于打破近半年的沉默，在白宫国宴厅举行了一次极不寻常的记者会，对时下白水案的种种说法作了一次彻底澄清。
希拉里在一个多小时的记者会中，对有关她丈夫担任阿肯色州州长期间他们夫妇的财务交易，以及她本人担任律师时的工作等各种问题，从容不迫地一一加以答复。
希拉里在白宫记者会上以“冷静、镇定、泰然自若的方式”，不愠不火地答复记者们的提问，澄清白水案疑团，给新闻界与全美观众留下深刻印象。
白水案展开调查后，眼看白宫被逼得乱了阵脚，共和党人加紧进攻，又向国会提出就白水案举行听证会的动议。一些准备参加当年秋季国会议员中期选举的民主党议员出于自身的需要，也纷纷表态同意此动议。参众两院最后表决通过。
事实上，随着白水案内幕的连连曝光及白宫在处理此案上的一系列失误，使克林顿夫妇的威信急剧下降。
6月，特别检察官罗伯特·菲斯克公布初步调查结果：认为福斯特的死亡原因是自杀，并且与白水案无关。
就在同一天，克林顿签字同意国会关于重新启用独立检察官制度。
美国独立检察官制度是在1973年对尼克松总统“水门事件”的调查后应运而生的，其初衷是为了排除政治干扰，更有效地反对政治腐败。由于司法部长由总统任命，当时美国国会一致投票同意任命一位独立于司法部的“独立检察官”来调查此事。“水门事件”导致尼克松总统黯然下台，也使独立于行政、检察系统之外的独立检察官名噪一时。到1978年，美国国会通过《政府道德法》，把独立检察官制度正式确定下来。依照该法，独立检察官的权力很大，享有独立的人事权、诉讼权、调查权和传讯权等。尽管这只是一个临时职位，但在理论上，他可以运用一切财力和物力，对包括总统在内的最高级官员的犯罪行为一查到底。
美国的《独立检察官法》有效期为5年，它先后于1982年和1987年经过一些修订后，由国会重新通过，但在1992年至1994年曾一度失效。国会于1994年又一次通过《独立检察官延期法》，该法最终于1999年6月30日再次到期，后未获延期。
8月4日，美国联邦上诉法院的一个三人专门小组拒绝重新任命菲斯克为独立检察官，理由是菲斯克是克林顿政府的司法部长雷诺任命的，同时决定任命前联邦上诉法院法官斯塔尔接任独立检察官一职，继续调查白水案。
斯塔尔是一名共和党成员，曾先后担任过美国最高法院首席法官助理、司法部长助理。到了布什时代，他被任命为司法部副部长之职。克林顿当选总统后，他被免去司法部副部长一职。
白宫立即对斯塔尔的任命表示不满。在宣布这项任命之前，他曾与状告克林顿总统性骚扰的前阿肯色州政府雇员葆拉·琼斯的律师有过接触。白宫方面担心，斯塔尔接任独立检察官后，会使此案更加复杂，并无休止地拖延下去。
果然，斯塔尔接任独立检察官后，不仅立即改组了原独立检察官下属的调查班子，并向小石城派出近l00名联邦调查局的探员专事调查，同时要求白宫马上交出与白水案有关的所有档案文件，包括希拉里在罗斯法律事务所工作时的法律账务记录。
白水门：最昂贵的无罪报告（3）
白宫方面的答复是，这些账务记录不知哪里去了，无法找到。由于得不到希拉里当年的法律业务记录与账册，斯塔尔不能找出过去的事实根据，调查工作难以取得进展。于是，他在1995年4月22日私下分别约见询问了希拉里与克林顿，希望他们夫妇能与他配合。但这次谈话的具体情况外界无法知晓。
1995年7月18日，已成为国会多数党的共和党，在所控制的国会参议院成立特别调查委员会，由纽约州的共和党国会参议员达马托任主席，开始对白水案与福斯特之死举行听证。
8月10日，由独立检察官斯塔尔组成的大陪审团认定克林顿夫妇当年在阿肯色州的合伙人麦克道格与他的妻子以及现任阿肯色州州长塔克，在当年“麦迪逊担保银行”的贷款业务中犯有银行欺诈罪，麦克道格夫妇先后被判刑入狱，而塔克由于身体不佳而被判巨额罚款与监管在家。