军医制度始于有脱离人民而独立的常备军出现的时候。当古代奴隶制度国家形成和随之出现常备军的时候，军队医疗保健和救护伤病员的组织措施就开始产生，并且在军队卫勤保障实践中逐渐形成和发展。
我国历史上对军事医学的情况记载较少，据现存所知的文献，类似军医院组织的机构，大概有以下几种：
后方临时伤兵医院
春秋占国时期，是我国由奴隶制向封建制转变并开始形成的时期。由于各诸候国家政治、经济发展的不平衡，形成大国诸候争霸的局面，出现了“春秋五霸”和“战国七雄”，经过数百年剧烈的兼并战争。在战争中，军官和士卒免不了要发生战伤和疾病。为了提高部队官兵健康水平，保证战争获得胜利，因此，军医的派遣和军医院的组织便提到统治者的军事首领面前。
春秋战国时期，军队中已有巫医和方技，当与敌人作战时，便征用当地富室房屋。凡重伤士兵都安顿到临时组成的伤兵医院疗养。由士大夫家派人照料，每日以酒肉补养伤员，并经常派遣官吏巡视。痊愈后即造册上报，以便重行归队。如自行残伤以逃避兵役，罪及家属。
吕望《六韬》中曾提到军中有“方士三人，立百药，以治金疮，以痊万病。”似乎在周初以方士主持军中的医药。
《墨子》书中说：“举巫医人有所长，具药官之，……及有方技者若工第之。”（1）证明当时军中有巫医和方技。又说：“伤甚者令归治病，家（据范行准注，指士大夫之家）善养，予医给药，赐酒日二升，肉二斤。令吏数行闾视病。有瘳，辄造事上。诈为自残伤以辟（同避）事者，族之。”（2）一般认为这是我国在作战时设立临时伤兵医院之始。
边防军医院
汉代边防军的任务为实边、屯田、穿渠及作城之类，间亦被调作战。文帝时（公元前179～159）晁错曾建议招募人民移置边塞，并设置医药以救疾病。（见《西汉会要》及《汉书》）。1931年西北考察团在居延附近烽燧中，发现大批汉简与遗物。其中有关军医的很多，计有军用药函和“药盛橐”和残件。药函上有“显明药函”字样，为长方覆斗形，有系绳纹和安置泥封的地方，其中所盛当即行军必备药品。此外，在木简中还有军队患病名册（记录军士姓名、疾病治疗经过及结果）、疾病统计簿、医护人员记勤薄、军队负伤记录簿（当时称为折伤簿），已载有用药物、针、炙及膏药治伤，并记有“天凤元年”（公元前80）的字样，军中还有兽医。证明在西汉时，这些屯驻边防的部队中已有军医院的设立，并建立了“病书”、“折伤簿”等一系列制度。但其具体组织如何。在禁卫军和内地军中是否也同样实行，史书上没有记载。
后方传染病隔离医院
后方传染病隔离医院是为防治军队中严重的传染病而设。军队减员，除了作战受伤而损害战斗力外，自然以传染病的流行为最严重。我国历史上如东汉建武二十年（44）马援征交趾，军吏瘅疫死者十之四、五（3）；建安十三年（208），曹操赤壁之战失败，也是由于军队发生大疫（4）。这些都是有名的例子。
汉桓帝延熹五年（162），皇甫规征陇右时，因为军队中发生流行病，死亡占十之三、四。皇甫规便将传染病患者安置在临时指定的庵庐中，使之与健康的士卒隔离，并亲自巡视，给予医药。《后汉书》对此事曾有记载：“延熹四年冬（161），三公举为中郎将。……明年（162），规因发其骑共讨陇右。而道路隔绝，军中大疫，死者十三、四。规亲入庵庐，巡视军士，三军感悦。”（5）设备虽简陋，但它却是史书中记载在军队设立传染病隔离病院之始。
救护所
在唐代，辽阔的疆域和漫长的边防线之所以能够巩固，唐朝地主阶级一百多年相对安定的统治秩序之所以能够确定，其中重要的因素是府兵制造成了强大的唐帝国军队。
在《通典》中曾引用李靖兵法：在军队中每营设有“检校病儿官”，每日巡查伤病员情况和饮食起居，以便安排医疗和后送，如发现新的病员或病情危重的士兵，必须报告总管，令医生巡营，给以适当的治疗（6）。
营主和检校病儿官，应按照伤病员伤势的轻重，安排运输工具和护理人员。能行走的病员给人（看护）一名；病重不能行走的加给驴一头，连牲口也不能乘骑的重伤病员，则给驴二头，看护二人缚辇（担架）运送。如病儿检校官和人不好好照顾伤病员，各杖一百；若将未死的伤病员加以掩埋时，处以斩罪。
部队中军校，每三天必须巡行本部军士的营幕，检阅他们饮食的精粗，以及劳逸是否适当，并抚恤战士疾苦，视察医药护理情况。战士如有死亡应立即上报，以礼祭葬，并抚恤其家属。如果死于阵战间，同火（唐府兵制的基层单位，每十人为火）应掩埋其尸体，如因作战负伤死亡，本部将校应将经过情况详细呈报，以礼祭赠。如仅负伤，应随伤势的轻重予以优赏。
由以上记载来看，唐代在军队中似已有类似现代救护所的设立，并有了较详细的医疗后送制度。
地方军医院
地方军医院的组织始于宋代。景祜3年（1036）已载有在广南地区为兵民设置医药的事。
《宋史》载：“景祜三年二月甲子，以广南兵民苦瘅毒，为置医药。”（7）
《宋会要·职官22》中也载有“熙宁十年（1077）五月，诏安南军回士卒病者，委所在宫舍存泊，差军员提举续给口券，官备粥药。州军委都监，县镇委主簿或监镇官检视。