柯南变回工藤新一已经两年了，回他一起上学的人从以前的兰，变成了现在的灰原哀。在他们恢复原貌后，哀插班就读于丹帝高校高三b班，之后，他们与铃木园子一起考进了米花大学。本来，以新一的成绩，考进东京大学是一点问题都没有，但是为了小兰，他决定留在米花。他不考东大，灰原哀也不考。
在这两年里新一帮米花警局破了许多案子，但是，没有兰的日子新一整个人都变了。他不再是以前那个吊儿郎当、既阳光热情又傲慢自大的新一，他变得沉静冷漠，不苟言笑。对于新一的变化，哀和园子都无能为力。新一唯一变得温柔的时候就是每天下午放学之后。虽然已经上大学了，但是新一、哀和园子都没有住宿。他每天放学的第一件事就是去米花医院。
自两年前与黑暗组织的那一战后，兰一直昏迷不醒。妃英里和毛利小五郎已言归于好，他们每天都到医院里照顾小兰，而新一，则每天放学之后来看她，一呆就是三四个小时，他跟她讲他们的过去。唯有这时的新一才会变得温柔，才会露出迷人的笑容。在小兰昏迷的这段时间里，服部和和叶来过好几次，服部每次都安慰新一，帮他打气，和叶则在一旁跟小兰说话。
今天，他和平时一样，来到了小兰的病房。此时，脑科医生藤原青木正在替小兰做检查。“医生，情况怎么样？”医生道：“今天兰的情况有些不一样，如果我没有判断错的话，这几天小兰就会醒过来。”“真的？！”新一兴奋道。“是的，你的女朋友很快就后回到你身边了。”
三日后，米花大学英语教室。
“嘟嘟嘟……”手机声响起了。“喂，我是工藤。”“新一！”电话里传来妃英里的声音：“新一，快来医院，小兰醒了！”“好我马上来。”英语老师在讲台上喝道：“谁在教室里讲电话！”话音刚落，只见工藤新一急急忙忙地冲出了教室，接着灰原哀和铃木园子也跟了出去。
当他们赶到医院的时候，小兰已经醒了，但是毛利小五郎和妃英里跟藤原医生却站在病房外面。“兰行了是不是？”“是的，但是，跟上次一样，什么都不记得了。”“什么？！”新一跟园子异口同声。藤原医生补充道：“不仅如此，小兰还是去了语言能力。”“医生，不可能的，你有没有检查清楚，兰怎么会说不了话呢！”园子急道。不等医生回话，
新一已冲进了病房，一手抓住呆呆坐在床上的小兰，大声道：“兰，看着我，兰！我是新一，你青梅竹马的新一啊！你记不记得我，兰！”小兰觉得他的声音很熟，她望了他许久，慢慢地摇摇头。“怎么可能？你在看清楚些，兰我是你的新一啊！”
灰原哀拉住他道：“工藤冷静点！”铃木园子冲到小兰面前板着她的肩哭道：“兰，你记得我吗？我是园子，你一生的好友啊！”小兰依然茫然的摇摇头。毛利小五郎道：“兰连我跟英里都不记得，又怎么会记得你们。”新一挣开灰原哀的手再次抓住兰，激动道：“不会的，兰。你是在气我对不对，我知道你是装的你是在生我的气。”毛利小五郎吼道：“冷静点侦探小子！”灰原哀道：“大侦探，现在不是你大会想象力的时候。”
这时，藤原医生和妃英里进来了。藤原医生道：“你们也别太悲观，小兰现在已经好很多了。他现在需要好好休息，你们先回吧。”
园子不肯走，新一更加不肯走。看到新一伤心的样子，灰原哀想：“如果当初我没有犹豫，受伤的是我而不是小兰，工藤就不会这么伤心了……”毛利小五郎和灰原哀离开后，妃英里把新一叫了出去。“妃啊姨，有什么事吗？”“你跟我来。”妃英里带着新一，进了藤原青木医生的办公室。
见妃英里带自己到藤原医生的办公室，新一觉得不对劲。“医生，是不是兰出什么问题了？”新一紧张道。藤原医生道：“工藤君，你先别急。我以前说过，小兰之所以会昏迷不醒是因为她的思绪极度混乱，那让她醒来，必须有人帮她理清她的思绪。”“现在兰已经醒了。”“是的，所以，你功不可没。”“但是她为什么什么也不记得了？”“或许是因为她的思绪还没有彻底理清。我想等她把她心中的疑团全都解开的时候，她的病就会好了。但是，她到底什么时候才能解开心中的疑团，我们谁都不知道。”新一忽道：“医生，你到底想说什么？”妃英里在一旁道：“新一，我知道你对小兰的感情，但是妃阿姨不想耽误你。你已经陪了她两年了，够了。过几天，我跟你毛利叔叔会带小兰去美国……”“不，不可以！”新一道“你们不能把兰带走。”藤原医生道：“工藤，美国那边的医院技术比这里好，小兰到了美国即使不能想起以前的事情，也未必不能讲话啊。”“不！”新一斩钉截铁道：“你们谁也别想从我身边把她抢走。”妃英里道：“你不准也没用，你已经把兰还成这个样子了，你还想刺激她吗！”新一无言。
下午，小兰出院了。园子一大早就跑来帮小兰收拾行李。新一也来了，可他没有进医院，只是在外面等着，远远的看着。妃英里看到他了，她也知道昨天她把话说得太重了，但是为了小兰，她比得比这样说。
毛利家
“这里是你的家，你是在这里长大的。”妃英里道“这里是你的卧室。”小兰默默地走进自己的房间，私下观望，最后目光落在书桌上的照片上。
小兰心道：“那个男生？那个叫新一的男生。为什么我会有和他一起的照片？他的声音为什么我会觉得这么熟悉？”见到兰在发呆妃英里喝园子都想书桌望去，一见到兰和新一的照片，妃英里立刻立刻把照片盖下，心道：“小五郎那个粗心的家伙，居然把最重要的给忘了。”园子道：“兰，你记得他是不是？他是你青梅竹马的新一啊……”妃英里瞪了她一眼，可是，已经迟了。
小兰在想东西想得很入神，他手里拿着那张和新一的合影，说社么也不肯放手。毛利小五郎、妃英里和园子都拿她没办法，只好任她拿着。可是小兰忽然到期要泪来，这可把他们吓了一跳。妃英里和园子忙着安慰小兰，小五郎则溜到毛利侦探事务所打电话。
电话才刚挂，新一就出现了。原来，新一一直在楼下徘徊，他不放心不舍得小兰。