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神奇宝贝＃118：若叶镇!!吹起开始之风的城镇!
空木博士误把火箭队的武藏当成乔伊小姐,傻呼呼的让武藏拿走小锯鳄。这只小锯鳄是明天要送给新人训练家的。小智深知事情严重,主动要求帮忙君莎小姐把小锯鳄抢回来。打倒火箭队以后,小智正式登记参加城都联盟。
神奇宝贝＃119：投手的菊草叶
小智遇到若叶镇的新人训练家奈奈。奈奈向小智提出挑战,结果输得一踏涂地。火箭队看上奈奈,利用奈奈设下一个棒球陷阱,伺机抢走菊草叶和皮卡丘。奈奈知道上当受骗,遂和小智联手打倒火箭队。
神奇宝贝＃120：赫拉克罗斯对抗大甲
赫拉克罗斯的森林突然受到大甲攻击。原来是火箭队贪图大甲森林的树汁，赶走大甲，使得大甲群往赫拉克罗斯的森林移动。为了恢复森林的平衡，小智打败火箭队，让大甲得已回到原来的栖息地。
神奇宝贝＃121：顿甲之谷
小智等人来到一座山谷，遇见顿甲训练家衣其小姐。衣其小姐的顿甲有寻找玛瑙的能力，被财迷心窍的火箭队抢走。于是小智等人找到火箭队，双方一场激战。当然，火箭队自然是被打败了。于是衣其小姐找回了她的小顿甲，并且和小智做神奇宝贝战斗，以做答谢。
神奇宝贝＃122：咕咕跟迷惑森林
迷惑森林有许多恶作剧的神奇宝贝,使进入森林的人们迷路走不出去。小智一行人也在森林中迷路。先是遇到小茂,被嘲笑一番,接着遇到怪婆婆铃金。跟铃金借来的咕咕是只能力不足的咕咕,根本没有能力带路。这时候又巧遇火箭队,跟火箭队打没多久,火箭队就被幻觉骗走了。紧接着换小霞发生危险。咕咕喜欢小霞,因而发挥潜力,带领小智等人走出森林。
神奇宝贝＃123：美丽花的战斗之舞
小智一行人在东门镇遇到训练美丽花，准备参加神奇宝贝表演大会的阿丽。火箭队追踪小智等人随后来到这个地方，想用表演发财，失败后又想重操旧业，偷走参加大会的神奇宝贝。当然，这个阴谋又被皮卡丘和阿丽的美丽花粉碎了。
神奇宝贝＃124：线球大搜索线
火箭队的武藏、小次郎、喵喵以怪盗猫八自居，到处犯案。君莎带着警察神奇宝贝线球一起出动调查。小智等人刚好旅行到镇上，遂答应君莎一起逮捕神奇宝贝小偷。在小智和皮卡丘及君莎的线球协助下，火箭队又被打得落慌而逃了。
神奇宝贝＃125：布卢的华丽生活
阿札拉镇是有钱人的高级住宅区。住在那里的布卢却老是很不高兴，还离家出走。小智等人因为找到离家出走的布卢，而被请入有钱人家里作客。在那里目睹了有钱人溺爱宠物的千奇百怪的行为。火箭队见布卢是难得一见的神奇宝贝，就发动烂计画想偷走布卢。哪知布卢却大发神威，和小智等人一同打跑火箭队。
神奇宝贝＃126：惊角鹿，幻影森林
小刚在公园遇见应该住在深山的小惊角鹿。没多久，一大群惊角鹿就猛冲过来，吓得大伙鸡飞狗跳。紧接着没多久，火箭队也加入搅局，想捕捉惊角鹿群图利。殊不知，这群惊角鹿只是小鹿制造出来的幻影。火箭队拿出秘密武器想活捉小鹿，而与小刚展开对战。最后在皮卡丘的活跃下，成功的救出小鹿，把小鹿送回原来生活的地方。
神奇宝贝＃127：好胜的菊草叶
小智在雪山山麓遇见了一只菊草叶，想把它收服成自己的神奇宝贝。可是这只菊草叶很好胜，即使明知没胜算，也绝不服输，而搞得自己伤痕累累。小智好心将菊草叶送到神奇宝贝中心，却被火箭队把菊草叶带走了。于是两队人马又展开追逐战。
神奇宝贝＃128：沼王和gs球
小智等人来到吉野市，小智发现新的神奇宝贝″沼王″，想加以收服，却反而被沼王抢走了gs球。后来在君莎的阻止下，小智等人才知道在吉野市沼王属于保育动物，不可随意猎捕。既然无法出手，就只好跟着沼王等沼王自己丢弃gs球了。在这等待与跟踪的过程中，小智他们经历一趟沼王的神奇之旅。
神奇宝贝＃129：芭瓢虫之笛
前往桔梗市的途中，必须经过一条河才行。但是过河的唯一一座桥被火箭队弄坏了。就在小智等人无计可施时，一位少女驾驭着许多芭瓢虫飞过来了。她是利用笛子控制芭瓢虫为农作物授粉的小真。火箭队得知这把笛子存在，就使出卑鄙手段抢夺。然而其实控制芭瓢虫的并不是笛子，而是人类与芭瓢虫真正交流的心灵。
神奇宝贝＃130：幸福蛋的快乐护士
小智一行人在快乐镇遇到了幸福蛋，这个幸福蛋的主人是乔伊小姐，但是遇到穷途末路的火箭队的武藏，它却高兴得把仓库里的东西都奉送给武藏。原来很久很久以前，这个幸福蛋与武藏是同班同学，也是互相扶持的好友。然而幸福蛋一口气搬出这么多东西给火箭队，是很明显的违法行为。武藏为了保护幸福蛋，自动出面要胁以仓库的东西交换皮卡丘，来解开幸福蛋的嫌疑。当然，结果是又被小智等人修理了一顿。
神奇宝贝#131：喇叭芽之塔大危机
到桔梗市时小智一行人先到喇叭芽之塔。这时候火箭队又出现了。他们以破坏喇叭芽之塔做威胁，要小智将皮卡丘交出来。为了保护大家的喇叭芽之塔，小智又跟往常一样，用他的神奇宝贝把不学好的火箭队教训一顿。
神奇宝贝#132：桔梗道馆，空中大战
在桔梗市的桔梗道馆赛，是小智打入乔特连盟的第一场比赛。阿速因为热爱飞行的感觉而立志当最优秀的鸟神奇宝贝训练家。面对阿速的空战优势，小智也不甘示弱的拿出有他的压轴王牌，脾气古怪的喷火龙，最后以智取胜，赢得他在乔特连盟的第一个徽章。
神奇宝贝#133：爱哭鬼玛力露
小智一行人来到高级别墅区遇见了一只迷路的玛力露。这个玛力灵跟主人走失，一直哭个不停。在忽然降下的倾盆大雨和响个不停的雷鸣声中，小霞、皮卡丘与玛力露一起掉到谷底去了。在小霞与皮卡丘忙着安抚柔弱的玛力露时，又巧遇爱捣蛋的火箭队。正好小智也来到附近，打败火箭队后，总算把玛力露送回主人美雪小姐的身边。
神奇宝贝#134：暴走，尾立和波克比
火箭队的机器人怪怪阿柏号被贪玩的尾立与波克比闯入。两个贪玩的小不点在怪怪阿柏号里面玩耍，一路撞出一条路和一个隧道，向城市的方向奔去，让追在后面的小智一行人与火箭队疲于奔命。幸好最后在尾立们的协助下，让怪怪阿柏号停下来了。可是小智要如何收拾波克比惹出的烂摊子呢？
神奇宝贝#135：喷火龙山谷
喷火龙山谷是野生的喷火龙们的修行之地。小智的喷火龙来到那里以后显得完全不堪一击，甚至还被撵出来。火箭队旁观整件事的经过，勾起了过去惨痛的记忆，而决定牺牲小我来成就喷火龙，故意自导自演让喷火龙打败他们，找回以往的信心。最后，喷火龙山谷终于接纳了小智的喷火龙。小智就在这个山谷与喷火龙告别了。
神奇宝贝#136：向日花怪会场大恐慌
小智一行人快到阳光镇时差点渴死，幸好美丽的千莎伸出援手。呕来到了镇上，又碰到千莎。小刚按惯例又对美人献起殷勤。一阵聊天之后，晓得千莎也要参加向日花怪选美比赛，可是她的向日葵不只不笑，还总是闷闷不乐的样子。于是小智等人决定替帮助过他们的千莎解决一个心头上的问题。
神奇宝贝#137：菊草叶不高兴了
菊草叶在战斗中被小智用皮卡丘替换下阵，误以为小智只疼爱皮卡丘，而气得在战斗中跑掉了。小智不只输掉一场比赛，还得忙着找回耍脾气的菊草叶。幸好遇到乔伊小姐的帮忙，小智才了解菊草叶的心理。此一同时，皮卡丘追上菊草叶，拼命的解释，想带回菊草叶。不怀好意的火箭队此时出现想一箭双雕，抢走皮卡丘和菊草叶，但还是被赶上来的小智给打败。
神奇宝贝#138：毛建子草飞跑了！大草原之战！
小智一行人在草原遇到另外一位也叫千纱的小姐。她正在研究利用毛建子的特性来预测天气。在起风之前，毛建子草会围起来，像浦公英一样随风飞舞。可是有只毛建子草很奇怪，怎样都不飞。细看之下原来是一个走路草。小智决定达成走路草飞起来的心愿。此时好捣蛋的火箭队又来了。当然又是跟小智大打出手，然后被打败。一波未平一波又起，紧接着一个好大的龙卷风来了...。
神奇宝贝#139：神秘超级英雄，天蝎人登场
火箭队带着怪兽在街上出现了。小智想加以阻止，却又误入陷阱无法行动。此时天蝎跟天蝎人出现了。为了守护城市而战的天蝎人，他的真正身份其实是玩具店的老板。他有个心愿就是让自己的女儿由香当下一代天蝎人。面临火箭队的恶势力，小智与天蝎人的苦斗终于打动了由香的心，指挥自己的天蝎挺身而战。
神奇宝贝#140：咩利羊和牧场的少女
小智一行人在牧场遇到少女香莲，她想带她的咩利羊参加神奇宝贝大会，却一直无法受到母亲爱莲的承认，说她的实力不够。好胜的香莲遂独自偷偷做神奇宝贝战斗训练。她对小智提出战斗的要求，虽然这场比赛以落败收场，但也使得香莲悟出了过去自己错在哪里。在这时火箭队的人来攻击了。香莲的表现果然让妈妈刮目相看。
神奇宝贝#141：巨钳螳螂对抗赫拉克罗斯
新吾是个认为计算机万能的神奇宝贝训练家。他带着他的巨钳螳螂，从来没打过败仗，而变得非常自大。新吾的父亲为了点醒新吾，到处找人跟新吾挑战，却从没赢过。小智向新吾挑战，新吾拒不接受。这时火箭队出来了。打倒计算机上没有的小喽喽后，新吾决定和小智一战。他靠着计算机记录分析出小智的行为模式，却还是被小智的赫拉克罗斯的直觉战打败。这才脱离了计算机的迷思。
神奇宝贝#142：收服火球鼠
小智一行人来到森林中遇到了火球鼠。这个火球鼠正遭到训练家浩二追逐。浩二以不择手段的方式追捕火球鼠，令小智义愤填膺。这时连火箭队也加入攻击，使火球鼠陷入空前的大危机了。小智击退这些居心不良的家伙的同时，也获得了火球鼠的友谊，而收服了火球鼠。
神奇宝贝#143：桧皮镇的呆呆兽之井
小智一行人来到桧皮镇。那个地方的人把呆呆兽当神明一样的崇拜。小智他们不小心踩到呆呆兽尾巴，遭到全镇居疯狂大围捕。幸好后来出现一个穿着呆呆兽布偶的人所救。告别那个人后，为了完成大木博士交代的差事，小智开始寻找钢铁先生，这才晓得救他们的人就是钢铁先生。钢铁先生为了守护呆呆兽到井边去了。小智一行人又赶到呆呆兽之井，发现滥捕呆呆兽的火箭队，双方又大打出手。
神奇宝贝＃157：麒麟奇，超能力神奇宝贝之村
小智一行人来到经常闹鬼的地区，超能镇。镇上的人都饲养超能力神奇宝贝来驱赶鬼斯通。饲养超能力神奇宝贝麒麟麒的杰莉偶遇小智等人，就带领他们到超能镇玩。谁知才到镇上不久，就传出奇怪的巨大耿鬼掳走超能力神奇宝贝的消息。小智等人赶到一看，发现不是出现了什么无敌的巨大耿鬼，而是火箭队打造了外貌像耿鬼的机器人，在抢超能力神奇宝贝。在杰莉的麒麟麒的协助下，飞天的皮卡丘又打跑了火箭队了。
神奇宝贝＃158：神奇宝贝占卜大混战
据说满金市市郊神奇宝贝培育店的神奇宝贝占卜书很准。小霞与小刚俩人也挡不住好奇，买了一本来占卜自己。然而书上却说小霞属于暴鲤龙类型，而打破了小霞对自己的美好幻想，气得要找老板理论。此一同时，火箭队的小次郎查出自己是征服世界的火焰鸟类型，信以为真，带着部下喵喵与武藏打算到培育店打劫神奇宝贝。然而店主的老婆婆与老公公却撕下伪装，与小次郎打起来。原来他们也是火箭队的成员，以前出场过的亚马多与小三郎。小次郎在小智等人口中得知占卜书是捏造的，顿失斗志，于是火箭队又被打败了。
神奇宝贝＃159：满金市的满金道馆
小智一行人来到大都会，满金市。刚抵达时，三人就为了应该先做什么而争论不休。好不容意取得共识，到满金道馆挑战，谁知当天道馆放假了。三人遂决定到百货公司吃大餐。可是满金市真的太大了。三人走到几乎迷路。这时带着皮皮的女孩小茜自告奋勇要带路，答谢三人替他找回皮皮。可是谁晓得，这个小茜是个更严重的路痴。迷路了很久来到百货公司后，火箭队看上罕见的皮皮，然后被打得满地找牙。这时候双方自我介绍，才知道小茜是满金道馆的训练家。小智的挑战是否能成功呢？满金道馆训练家是使用大奶罐的小茜。
神奇宝贝＃160：大奶罐，复仇之战
道馆挑战刚开始时，小智还占上风。但是在小茜的王牌，大奶罐出马以后，情势就逆转了。惨败的小智决定对大奶罐做彻底研究，而应小茜之邀到大奶罐牧场帮忙。在那里，小智又遇到企图偷大奶罐的火箭队。卑鄙的火箭队出动滚滚号机器人，简直是大奶罐的打滚功的翻板。在打倒火箭队的同时，小智灵机一动，决定应用同样的战略对付大奶罐。小茜为了答谢小智的帮忙，破例在道馆外再比一场。这次小智的战略果然奏功，打败了大奶罐。
神奇宝贝#161：收讯塔的战斗，超越时空
小智在满金市的餐厅被广播节目制作人找去上特别节目。原来获得满金道馆的徽章的人，都会被邀请到节目中做特别来宾接受访问。由于火箭队弄乱了预定的播出带，为了避免节目开天窗，在制片的请求下，小智等人与火箭队一起现场演出广播剧，超越时空的战斗。
神奇宝贝#162：捕虫大会在自然公园收服他！
小智与奈奈报名参加自然公园举办的补虫大会。但是在比赛时，奈奈与他的菊草叶，却为一点小事情吵了起来。这时候图谋不轨的火箭队又偷偷潜入会场，企图抓走皮卡丘与昆虫神奇宝贝。当然，这伙人最后还是被小智与奈奈给打败，奈奈也和菊草叶恢复感情。
神奇宝贝#163：胡说树在哪里？
小智一行人为了过河，向一位拥有渡船的老人借船。老人为了帮助孙女完成研究，要求小智一行人想办法抓到胡说树，才可借船。于是小智就去找胡说树了。可是胡说树不只躲藏的功夫很高，还会用所有绝招来反击。更糟糕的是，中途连火箭队都跑出来抢了。在一团混乱之后，老人的孙女完成了研究，小智等人再度踏上旅行。
神奇宝贝#164：古代神奇宝贝公园，阿露福遗迹
小智一行人旅行途中遇到大木博士，一起来到了发现有很多古代神奇宝贝化石的阿露福遗迹。大木博士的学生在这里做研究，说发现了活着的菊石兽跟多刺菊石兽。同一时间，火箭队等人采集阿露福泉水，也在泉中发现这些活化石，而大肆捕捉。小智等人为了保护古代神奇宝贝，又与火箭队大打出手。
神奇宝贝#165：波波屋的传信波波