虽然黄明晰在程老夫子门下受教时间不长，但程老夫子的厚爱却是人人皆知，而他的短篇故事、《加勒比海盗》、《白蛇传》等等开始流传四方，有一份不大不小的名气在。
不过，他的真正名气，始于《格物学》。
“假若事情不受控制，那么，就将它闹大，让敌人也别想控制地住。”
要将事情闹大，一个在于名气，一个在于事态。首先，黄明晰决意推出《格物学》。
“格物”一词出自《大学》。《大学》原本是《礼记》中的一篇，据说是秦汉之际的荀子后学所作。宋时将这一篇单独抽出，独立成书，即是与《论语》、《孟子》、《中庸》并称的“四书”。
《大学》说：大学之道，在明明德，在亲民，在止于善。古之欲明明德于天下者，先治其国；欲治其国者，先齐其家；欲齐其家者，先修其身；欲修其身者，先正其心；欲正其心者，先诚其意；欲诚其意者，先致其知；致知在格物。
“明明德”、“亲民”、“止于善”为儒生追求的人生最高目标。为此，则需格物、致知、正心、诚意、修身、齐家、治国、平天下，这是一个修炼的系统。出凡超圣，始于格物致知。
程颐说：“格犹穷也，物尤理也，犹曰穷其理而已也。”格物并不是为了认识万物，而是通过认识万物穷究万物之理。程颐说的“物”，上至天地，下至草木，包含人心，都是需要“格”的。“凡一物上有一理，须是穷致其理。穷理亦多端：或读书，讲明义理；或论古谈今人物，别其是非；或应接事物而处其当，皆穷理也。”
在程颐的“格物穷理”之上，黄明晰在《格物学》提出“格物”的目的在于“致知”，即是获得、扩充、完备自己的知识。这一点与后世的朱熹论点相同。不过，朱熹说：“所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而穷其理也。盖人心之灵莫不有知，而天下之物莫不有理，惟于理有未穷，故其知有为尽也。至于用力之久，而一旦豁然贯通焉，则众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用无不明矣。”如同禅宗说的“开悟”，使自己的心突然明亮起来。这种理论到明朝，由王阳明发展成为“心学”，越来越趋向虚无缥缈。
黄明晰写道：“一旦豁然贯通焉，则众物之表里精粗无不到，而吾可明心知性，因势利导，以善万民矣。”他主张“格物致知”最终的结果是“用自己学到的知识为万民造福。”而不是单单是自我修身。
程颐对于物如何格，理如何穷，没有作出清晰的解释。后世朱熹则主张格物有三方面：其一是“即物”，即接触事物；其二是“穷理”，即研究事物之理；其三是“至极”，即对事物之理要穷至其极。他说：“格，至也。物，犹事也。穷至事物之理，欲其极处无不到也。”这是一个完整的格物过程：接触，然后研究，最后明白事物之理。
不过朱熹这种格物论说的是用感性的思维思考生活的意义，最终停留在哲学的范畴，这是儒家的局限所在。
“若用力之方则或考之事为之著，或察之念虑之微，或求之文字之中，或索之讲论之际，使于身心，性情之德、人伦日用之常，以至天地鬼神之变、鸟兽草木之宜，自其一物之中，莫不有以见其所当然而不容已与其所以然而不可易者。”简单说，就是草木鸟兽变化都有它的道理，这是“所以然”；正如社会必须有伦理道德，人人都必须按伦理道德生活，这是“所当然”的事。
儒家学说根基在于“如何做人”，最终由一个人的如何做人推及整个社会如何做人。
黄明晰对格物致知分为了两部分，一个便是借用朱熹的主张，那是传统的修身养性式的偏向“内圣”的做法，并从中添了不少积极入世的言论，使得“吾心之全体之用无不明矣”，“由是善天下”。另一个则驳接现代科学理论，提出一个可以济世天下的外王学说。
“以数字为工具，以实验和逻辑推理为方法，展现花开花落之本质，日升日落之天理，人体生死之奥妙，以致于利用万物之理反馈自己，惠及黎民。”
他建议将工、农、商三业之民教化提升为“儒工、儒农、儒商”，使“儒农者研究农作物生长之理，以致粮食产量加倍，百姓足食”，使“儒工者制造机器巧物，以致黎民节省气力，衣物用具丰盛”，使“儒商者钻研理财之术，既能因利而使自己富裕，亦能使民众家国财运亨通，兼善手下员工和地方百姓”。
“三儒不同普通农、工、商，他们穷物究理，利己利民，此与神农尝百草黄帝造车舟之举，孔圣所赞的管仲之能并无二致，均可视为仁之做法，于此吾敬称之为‘学者’。”
原本黄明晰只将格物学只是物理的别称，但读了几次程老夫子赠予的二程遗稿之后，他又写了一篇商论，和一篇以大概或听说的形式论及的农作物嫁接杂交技术“农论”，将两篇和原本就已经写完的数学、物理等方面的内容通通收录进《格物学》之中。
他在序言中只写了一句，“实践是检验真理的唯一标准”。
格物致知一说是理学的做人方法论，这个时期提出不久，还在研究阶段，直到南宋朱熹才集其大成。黄明晰此时著作的这本书既继承了二程要义，并加以细化，又有推陈出新，使之成为一套可行可学的系统理论，而其中的商论、数学、物理等知识更加直观实用。