土地改革，在中国现代历史上有两种，一是在大陆推行的急风暴雨式的土改，张文秀觉得不能采用，毕竟在明代，地主阶级力量最为强大，不能过分损害他们的利益，否则把他们推到自己的对立面，情况就会十分不妙的，李自成就是前车之鉴。还有一种土地改革，那就是蒋中正败退台湾后实行的土地改革，属于比较温和并且很成功的，张文秀决定实行台湾式的土地改革。
所谓台湾式土地改革，就是蒋中正退守台湾后，痛定思痛，在台湾掀起的土地改革。当时台湾也是由许多大地主控制着土地，佃农生活贫苦，租佃矛盾日益激化。而当时台湾由于接收了日本人留下的大量工厂，但却开工不足。于是政府制定“和平土改”计划，政府强制赎买地主的土地（地主可以保留一小份土地自耕）把他贱卖给农民，农民从政府买土地，其实是不用交现金的，只是在今后几年时间内向政府多交一点赋税来抵扣，这样，农民得到实惠，生产积极性大为提高，农业产量立马翻番。
而政府向地主购买土地，也多不是支付现金，而是把日本人留下的大量工厂的股份折价卖给地主，这样地主阶级向资本家过渡，这样地主也不会有太多的怨言，工业生产迅速得到恢复，台湾很快进入工业化，到了八十年代成了亚洲四小龙之首。
这样的土地改革，既能解放农民，又能照顾地主阶级，最重要的是使台湾转型，进入工业社会，非常值得身处十七世纪中叶的张文秀借鉴。但是张文秀没有日本人留下的工厂，没有什么可以给地主的。
但张文秀有矿啊，还有通往西番的商贸控制权。所以张文秀正式进行土地改革。首先，没收地主土地，无偿分给农民，地主可以保留一小块自耕地。被没收土地的地主，政府可以从三个方面补偿。一是可以从张文秀那里得到开采建昌府境内的矿产的许可，当然现在所有矿产都是飞虎军的，但这些地主如果要采矿，可以与官府合作，各占一半股份，政府在五年后将股份逐渐送给地主，这样，地主也算是得到了补偿。
二是可以从申请成为前往西番贸易的合法商人。现在张文秀基本控制了通往西番贸易的线路，所有想出关到西番去做生意的必须向官府申请登记，有官府配备的报保镖护送以防西番抢劫，这些保镖也是飞虎军的退役人员组成，一面护送，一方面监视商人是否叛变。私自出关者，杀无赦。所以现在能出关到西番去贸易，可是厚利啊。这些失去田地的地主，对于张文秀给他们一条发财的路子作为补偿，也不甚怨恨了。
另外，失去田地的地主，他们从商从工，张文秀都给予最大的优惠便利。
本来张文秀还准备把盐的行销大权让给这些地主，但最终还是舍不得。因为张文秀觉得还是后世二十世纪中国的食盐专卖专销制度比较好，由政府生产控、运送、行销一手包办，盐的利润完全由官府掌握。这样做还有一个好处，那就是能利用食盐加强对老百姓的控制。自己准备在每个县和乡镇都由设立最起码一家食盐专卖店，每个乡镇的老百姓只能到专卖店去买盐，并且每家买盐的数量根据人口而定，多买必须申请。这样，如果哪家突然收留了很多逆党奸细或者见不得光的人，食盐的消耗肯定会增加，多买盐就会引起官府的警觉，到时就可以一网打尽。这样做，其实就是限量供应，虽然对经济没有多大好处，却能维持稳定，加强对民间的控制。而在明末，最需要的就是秩序，不是财富。
要进行土地改革，需要各级官府的成立。于是张文秀大集手下的文武，正式宣布张献忠的诏命。然后，正式任命肖宏满为建昌府首任知府。肖宏满从永州一个小吏突然升任如此高位，成了封疆大吏，真是感激涕零，发誓为帅主效死命，同时庆幸去年九月没有向张献忠献殷勤，而是直接投靠张文秀，看来自己那一把完全赌对了。
建昌府治建昌城，把原来的五卫越西、宁番、建昌、盐井、会川全部改为县，从自己飞虎军中的文人中选拔担任五县知县，每个县都要修建坚固的城池（建昌县不用修建，因为建昌府依郭建昌县），建县衙、兵营，还要多建民房（主要是解决无房老百姓的住房问题，更是给以后招徕流民住的）。当然，各级政府现在最急迫的任务是土改。
这样，建昌府下辖五县一州（黎州、越西县、宁番县、建昌县、盐井县、会川县），州县下面设乡镇，农村设乡，集市和原来的守御千户所设为镇。乡镇下面设村，基本上以三十户至两百户为一村，以五到十村为一乡或镇。村官由村民推选，向乡长或镇长负责。乡和镇成立衙门，最高负责人为乡长镇长，正九品，乡镇衙门还设乡（镇）丞、乡（镇）尉两个官员职位，辅佐乡（镇）长，为从九品，分别负责政务和军务。乡（镇）丞由乡（镇）的乡老推选并由县政府批准，这样乡里父老也能参与政府管理，还能做官，想必会增加对飞虎军的归属感。而乡（镇）长和乡（镇）尉由上级政府任命。乡镇有驻军，数量少但可以确保维持秩序，镇压小股叛乱。乡镇驻军由飞虎军派来的士兵为骨干，以本地招募的民兵为主体，民兵也发饷。
历朝历代，朝廷只能控制到县一级的政府，对广大的乡镇农村对根本控制不了，张文秀有了前世的见识，当然会吸取经验，控制广大的农村，牢固控制政权。
州县的官吏职位设立，基本参照明朝，只是稍微改动、简化一些，如县官有知县、县丞、县尉和主薄和教谕五位正官，知县为正七品，县丞为从七品，县尉为正八品，主薄和教谕为从八品，其中县尉为明朝所没有，张文秀设立此职位是要加强军事控制，县学教谕由明朝不入流的无品小官提升为从八品，主要是张文秀要加强民众教育的一个暗示，以吸引本地的读书人。
至于其余杂官，能裁就裁。听肖宏满说，明朝一个县的杂官还真不少。除了知县、县丞、主薄、典史四位正官外，其余全是杂官：有县学，设教谕一名，训导两名；有巡检司，巡检和副巡检各一名；驿站，驿丞一名；税课司，大使一人；仓、库，仓大使和副使各一人，库大使一人；递运所，大使一名，掌运递粮物；批验所，大使副使各一名，掌验茶引、盐引；江河湖泊，所官、闸官、坝官各一名，掌鱼课蓄泄；铁冶所，大使副使各一名；医学，训科一人，掌管惠民药局；阴阳学，训术一人，掌报时；僧会司，僧会一人；道会司，道会一人。
当然，并不是每个县都设立所有的杂官，只有县学、仓、库、医学和阴阳学是必须设立的，其余杂官根据各县的实际情况而定。这些杂官的品级基本不入流，俸禄也是少得可怜，有的甚至没有俸禄。
真是想不到啊，以前以为古代的县政府组织很简单，却没想到朱元璋设立的组织这么严密，各个方面都想到了。看来贫民出身的朱元璋真是体谅老百姓啊，不但设立什么惠民药局，还设立各种预备仓（赈济）、养济院（既收养孤老的养老院）等等。
只是可惜，朱元璋的不肖子孙和文武官员并没有把好东西坚持下来，象什么济民的仓、院、惠民药局都纷纷废弃，最典型的就是驿站的裁撤，导致李自成失业后造反，推翻大明王朝。
由于以前建昌五卫和黎州并不是民政系统，所以并没有这些杂官。张文秀也就把大部分杂官职位放入吏员的范围内。
民政系统基本安排好了，现在就是自己抚南王府的官员任命了。其实自己这个抚南王也不太需要什么官员，因为自己就单身一人。现在的王府官员的职责也就是作为飞虎军的总部来发号施令。张文秀任命潘冶文为抚南王王府长史，王府的各个官吏选拔都由他负责，他的主要职责就是负责飞虎军的后勤，并管理飞虎军内的文人。
官员有这么多，俸禄也就需要制定一个标准了。按照明朝的俸禄标准，肯定是不行的。一开始朱元璋给官员俸禄都是发米的，如七品知县每月俸禄是领米七石五。到了明朝后期，俸禄都折算成银子，如果按照平常年景正常折算，每石米价值半两银子，知县年薪四十二两，也还凑合。但是，朝廷给七品知县的工资一年只有不到三十两，四品知府也只有六十两银子，实在太少，难怪官员不但贪污，还名正言顺的加派赋税收入自己囊中。
由于自己现在手下最高的官员是知府，正四品；其次就是潘冶文任职的王府长史、建昌府同知，都是正五品；再次就是黎州知州、建昌府通判，都是正六品，然后就是七到九品。所以能把官员俸禄的标准定地高一些。所有官吏的俸禄全部用银两发，以后用银元（张文秀马上自己铸造银币），每月月底发俸。
正四品每月四十两（这样他一年最起码有四百八十两银子，是明朝知府不计灰色收入六十两的八倍），从四品每月三十五两，正五品每月三十两，依次递减，正七品十两，从七品九两，正八品八两，从八品七两，正九品六两，从九品五两。另外，比较重要的吏员每个月也能挣一二两银子。
由于现在七品以上的官职没有几个，基本都是大量七八九品的基层县乡一级的官员，故俸禄花不了多少银子。虽然如此，比明朝官员吏员工资还是高出了不少，应该能吸引不少本地的读书人来进入各级政府，为大西飞虎军效力。
就在张文秀指挥各级州县乡镇政府成立，推行保甲法，并开展轰轰烈烈的土地改革，然后给农民发放马铃薯种子的时候，从东南西北四个方向都传来急报，敌人入寇。